• Fonds ancien
La commune conserve les registres paroissiaux (GG1-3, 1665-1792) ainsi qu’un registre de l’arpentement général du territoire communal (CC1) et quelques documents sur le partage et division des bois, communs et indivis entre les communautés d’habitants de Pouillat et de Montfleur dans le Jura) (DD1).

• Fonds moderne
En série D, les registres des délibérations sont conservés intégralement depuis la création de la commune en 1790 (1D1-6). On trouve un registre des arrêtés du maire pour la période 1842-2002 (2D1). En sous-série 2D, est également classée la correspondance. Elle est continue de l’an VI (1797) à 1950. De nombreux thèmes sont abordés : enseignement, chemins, forêt, police de la chasse, finances, travaux, édifices, débits de boissons, étrangers, affaires militaires, élections, assistance publique, etc. Certains documents ont été sortis de cette collection pour rejoindre des dossiers thématiques.
En série E, la collection des registres d’état civil est complète.
La série F nous renseigne sur la population et l’agriculture. Les listes de recensement de la population et de recrutement militaire dévoilent aux généalogistes des renseignements, notamment sur la composition d’une famille ou sur les capacités physiques et intellectuelles des jeunes garçons. En sous-série 1F, on trouve quelques recensements de population antérieur à 1836 (1F1), ce qui est plutôt rare dans les communes du département. La sous-série 3F sur l’agriculture comporte quelques lacunes. Les registres et tableaux de statistiques agricoles permettent de découvrir de quelle manière était exploitée la terre depuis le milieu du XIXème siècle. Quelques documents concernent la grêle de 1841 (3F3).
En série G, on trouve les rôles de la contribution foncière antérieurs au cadastre napoléonien ainsi que la matrice sectionnaire de l’exercice 1812 (1G1-2). L’ensemble des atlas et matrices cadastraux napoléoniens ont été conservés (1G3-11). La série des matrices d’imposition est dans l’ensemble plutôt bien conservée.
La série H est relativement complète. On dispose de toutes les listes de recensement militaire depuis la loi de 1818 qui réinstaure la conscription (1H2) en plus des documents de la conscription antérieure à 1815 (1H1). Les tableaux de recensement des chevaux et voitures susceptibles d’être requis ont été conservés pour la période 1874-1940 (2H1-4). On trouve quelques documents sur la garde nationale (3H1) mais aucun sur les sapeurs-pompiers. En revanche, on ne trouve que quelques rares documents sur les guerres mondiales, conservés en sous-série 4H.
La série I nous renseigne notamment sur la police et les mœurs dans la commune. Un certain nombre de documents classés dans cette série traitent de l’hygiène et de la surveillance des épizooties. En sous-série 5I, les listes nominatives des enfants vaccinés sont conservées à compter de 1908 (5I2).
En série K, en dépit de quelques lacunes, on dispose de toutes les listes électorales remontant à 1848 (1K2-3). Les opérations de vote des élections politiques et professionnelles sont, dans l’ensemble, bien conservées : le plébiscite de 1871 est classé en 1K5. Les dossiers sur les élections municipales sont complets pour la période 1831-1977 (1K6). Les dossiers d’élections professionnelles sont relativement bien conservés (1K7).
Conservés en série L, les budgets et comptes remontent à 1811 (1L1-8) et les livres comptables sont conservés pour la période 1936-1979(1L10-11).
Les séries M et O sont assez bien représentées. Quelques plans de bâtiments et de chemins ont été conservés dont certains illustrent le corps de l’inventaire. On trouve des documents relatifs à la mairie-école (1M1), aux lavoirs (1M4), à l’église et la chapelle (2M1-2) et au cimetière (2M4). D’autres dossiers nous apportent des informations sur le classement et l’aménagement des chemins communaux (1O1-7) et quelques dossiers sont conservés sur les travaux d’adduction et de distribution d’eau potable. En revanche, on ne trouve aucun dossier sur l’électrification et l’éclairage public de la commune. On trouve aussi quelques dossiers sur l’aménagement des cours d’eau (3O1).
Quant’à la série N, elle fournit des renseignements sur les biens communaux, notamment concernant les acquisitions et ventes de terrains faites par la commune (1N1). On trouve également des documents sur la vente des produits des communaux cultivés (1N4). Quelques dossiers relatifs au droit de pâturage (1N5) ainsi qu’aux droits de chasse (2N1), à la construction et gestion des fontaines publiques de Pouillat et de son hameau Dalles (3N1) sont conservés dans cette série. En revanche, on ne trouve presqu’aucun document sur la gestion du cimetière.
La série P nous renseigne sur l’exercice du culte catholique dans la commune et la séparation de l’Église et de l’État (1P1). On y trouve notamment l’ordonnance royale érigeant l’église communale en chapelle vicariale en 1821.
En série Q, on trouve les documents du bureau de bienfaisance, du bureau d’aide sociale, et des aides obligatoires. Les registres des délibérations du bureau de bienfaisance sont conservés depuis 1859 (1Q1-3). Ce dernier ne semble pas avoir eu de budgets et comptes depuis le milieu du XIXème siècle et jusqu’en 1956 ; ce fait explique la rareté de ces documents le concernant (1Q5). Les archives de l’assistance classées en sous-série 5Q (assistance médicale gratuite, allocations, registres de nourrices, etc.) sont dans l’ensemble plutôt lacunaires.
Les archives concernant l’instruction publique, conservées en série R, sont peu nombreuses. Toutefois, sous la cote 1R1, on y retrouve quelques documents sur le personnel enseignant. Sous la cote 1R2, sont conservés les rôles de la rétribution scolaire.
En série T, les permis de construire constituent une collection complète depuis 1964 (T1).

• Fonds contemporain
Les archives contemporaines semblent complètes et concernent toutes les séries.