• Fonds ancien
Le fonds ancien de la commune est riche. Outre deux chartriers, l’un appartenant au Collège Royal de Thoissey et l’autre à l’Hôtel-Dieu, la commune conserve des documents d’ancien régime liés au Collège Royal, à la congrégation religieuse des Ursulines ou encore à l’Hôtel-Dieu. On trouve également les registres de baptêmes, mariages et sépultures depuis 1691.
Le document le plus ancien date de 1592. Il s’agit d’un acte de nomination en faveur du père Mazuyer par François de Bourbon, prince souverain des Dombes, duc de Montpensier (GG13).

• Fonds moderne
Dans l’ensemble, le fonds moderne est assez complet mais on regrette néanmoins l’absence de certains dossiers de travaux. Ainsi, aucun document n’atteste de la réforme de l’ancienne halle aux grains, transformé en Hôtel-de-Ville vers 1860. Grâce à l’association des Amis du vieux Thoissey, des plans de la construction de l’Hôtel-de-Ville publiés dans le Moniteur des Architectes ont été récupérés.
En série D, les registres des délibérations du conseil municipal sont conservés depuis 1807 (1D1-8). Le registre des arrêtés débute l’an IX (2D1).
La collection des registres d’état civil, en série E, existe dès 1990.
La série F nous renseigne sur la population et l’agriculture. Les listes de recensement de la population, dès 1846, dévoilent aux généalogistes des renseignements notamment sur la composition d’une famille (1F1). La sous-série 3F sur l’agriculture comprend davantage de lacunes, notamment en matière de renseignements statistiques. Les registres et tableaux statistiques agricoles permettent de découvrir de quelle manière était exploitée la terre depuis la création de la commune (3F1).
En série G, l’ensemble des matrices cadastrales ont été conservées (1G3-10). Les copies de la matrice générale des impôts directs remontent à 1818 (1G11).
La série H contient les tableaux de recensement des classes (1H1) et celles de chevaux, mulets et voitures (2H1-2) ainsi pour les mesures d’exception liées aux deux guerres mondiales (4H1).
La série I nous renseigne sur la police, les mœurs et l’hygiène dans la commune mais elle reste très lacunaire dans son ensemble. Seules les listes nominatives de vaccination forment une collection complète (5I1).
En série K, la collection de listes électorales remonte à 1831 mais de nombreuses lacunes sont présentes, notamment l’ensemble de la période 1910-1935 (1K1-3). Les opérations de vote des élections remontent à 1835 (1K4-5).
Conservés en série L, les budgets et comptes sont conservés depuis 1813 malgré quelques lacunes (1L1-2). Quelques lacunes sont constatées pour les rôles de la taxe municipale sur les chiens (2L2-3). Les livres de comptes sont tous présents depuis 1816, ce qui en fait une source historique remarquable pour suivre le développement de la ville et l’action politique (1L6-8)
En séries M, N et O, il subsiste peu de documents mais on conserve tout de même le dossier de construction du groupe scolaire, qui contient plusieurs planches de dessins ainsi que des copies en papier-calque des plans de construction du bâtiment.
La série P nous renseigne sur l’exercice du culte catholique dans la fabrique d’église.
En série Q, les documents se rapportant au bureau de bienfaisance sont absents, mis à part les nominations des membres de la commission administrative (1929-1959) (1Q1). On retrouve les statuts des sociétés mutualistes locales (4Q1). L’ensemble de la série est lacunaire.
Les archives concernant l’instruction publique, conservées en série R, sont également peu nombreuses, mais l’on y retrouve, malgré tout, les nominations des instituteurs (1R1).

• Fonds contemporain
Les archives contemporaines semblent complètes et concernant notamment les documents d’urbanisme et les travaux.