La première trace d’habitation semble remonter à saint Barnard de Romans qui, après son installation à Ambronay, décide d’établir une tour défensive sur les bords du Rhône vers 803.

Sous l’Ancien Régime, Loyettes était une seigneurie puis une baronnie dépendant initialement, et avec son port, des abbés d’Ambronay avant d’être la possession des maisons d’Anthon et de Genève (vers 1200-vers 1350), de nouveau les abbés d’Ambronay (vers 1350-1371), la maison de Savoie (1371-1579) qui l’inféode successivement au cardinal Robert de Genève (1375-vers 1378), au comte Pierre de Genève (vers 1378-1381), à Gillet Richard, seigneur de Saint-Priest (1381-1393), à Odon de Villars, seigneur de Baux (1393-1414), à Georges de Varax, seigneur de Chazey (1443-1462), à Philippe de Savoie, comte de Bresse puis duc de Savoie (1462-1497) puis à son épouse Claudine de Brosse (1497-1513), à Charles de la Chambre (1529-1534), à Jean-Louis Coste, comte de Châtillon et de Pont-de-Veyle, puis à Jean-Jacques Trivulce, comte de Melzio (jusqu’en 1579). Par le traité de Montluel, la baronnie est vendue à Henriette de Savoie, duchesse de Mayenne qui la rattache au marquisat de Miribel (1579-1601) puis à la maison de Saulx-Tavannes (1601-1719) et aux Durand de la Buissonnière (1719-1789).

Un château-fort doté de sept tours était présent sur les bords du Rhône. Il ne résista pas au siège mené par Biron en 1595 lors de la conquête des terres savoisiennes et ses fortifications ont disparu lors des crues de 1734. Les ruines du château sont venues en 1844 à un épicier lyonnais, Julien Lesbros. Un prieuré appartenant aux religieux d’Ambronay existait également dans le bourg dès le XIIIe siècle.

Elle dépendait également du bailliage, de l’élection et de la subdélégation de Belley et du mandement de Saint-Sorlin. Religieusement, l’église paroissiale Saints-Jacques-et-Christophe relevait du diocèse de Lyon et de l’archiprêtré d’Ambronay.