Les premières notices de la paroisse datent du XIIIème siècle. Il s’agit à cette époque d’une seigneurie dépendent de la seigneurie du Bugey. Plus tard et jusqu'au 5 novembre 1653 elle fut rattachée au comté de Rossillon. En 1653 ce territoire est cédé, en titre de seigneurie particulière, par Gui de Migieu, conseiller au parlement de Bourgogne, à Antoine de Carron. Guillaume d'Oncieu de Carron, marquis de la Bâtie, vend cette seigneurie le 7 mars 1734 à Claude-Balthazard de Riccé, écuyer. En décembre 1767 la seigneurie de Saint-Germain et adjugé à Pierre Trocu de Maillat, chevalier de Saint-Louis, lequel en reprit le fief en 1768 et 1773.

La commune de Saint-Germain-les-Paroisses comptait, au XIXème siècle, plusieurs hameaux dont Apregnin, Meyrieu (où se situe la maison-forte Carron), Cessieu, Cote-droite, Essieu, Brognin et Moulin-de-Marchamp. Aujourd’hui, il faut y ajouter le Trappon. Dans le territoire de la commune on y trouve aussi le lac d’Arboreas, la chapelle isolée de Notre-dame-de-Lorette, quelques vestiges du château médieval de Beauretour, ancien château de la seigneurie de Bugey classé monument historique et le four banal de Meyrieu, également classé et construit au XVIème siècle.

La mairie de Saint-Germain-les-Paroisses conserve les archives issues de sa propre administration communale depuis sa création en 1790. En 1792, la commune hérite de la gestion de l’état civil et des archives paroissiales remontant à 1630. Ils ont fait l’objet d’un dépôt aux Archives départementales de l’Ain en 2010.

Toute personne peut obtenir communication des documents conservés par la collectivité dans le respect de la réglementation en vigueur sur la communicabilité des archives publiques (articles L. 213-1 à L. 213-3, L. 213-5, L. 213-6 et L. 213-8 du Code du patrimoine) ou des conditions émises par les donateurs ou déposants d’archives privées.
Toute personne désireuse de consulter les archives communales doit produire une pièce officielle d’identité comportant une photographie.
La consultation des documents s’effectue obligatoirement sur place. Il n’est consenti aucun prêt à domicile de documents d’archives.
La consultation se fait sur rendez-vous aux heures d’ouverture de la mairie.
Les lecteurs doivent veiller à ce que les documents communiqués ne subissent aucun dommage, dégradation ou altération par leur fait ou leur négligence.