La première mention de la commune remonte à l’an 1013. En effet, dans un acte du cartulaire de Tournus il est fait état d’une Villa Montanicus. Cette mention du XIème siècle fait penser que la commune a une origine gallo-romaine.
En époque médiévale le territoire de Montagnat appartient aux seigneurs de Coligny d’Andelot. Cependant, jusqu’en 1180 les hameaux de Versaillat, les Curnillats et Noire Fontaine appartenaient à la famille de Bâgé et plus tard aux chartreux de Seillon.
Montagnat est, jusqu’à la Révolution française, une paroisse appartenant à la seigneurie de Rivoire pour sa plus grande partie et aux chartreux pour les hameaux mentionnés ci-dessus. La possession de Montagnat passa successivement entre les mains de Guillaume de Saix, Pierre de la Palud (seigneur de Varambon), Aymond de Savoie, Talaru de Chalmazel, Coligny, Chavry, Charles le Loup (premier président de l’élection de Bourg), les hôpitaux de Bourg et enfin Charles-Olivier Duport de Rivoire. Ainsi, nombreuses sont les archives de Montagnat présentes dans les fonds des Archives municipales de Bourg-en-Bresse (voir état annexe).
Sous l’Ancien Régime, la commune était très pauvre et peu peuplée. Dans le pré-inventaire des richesses touristiques et archéologiques de l’Ain il est écrit que la tradition attribue à Marguerite d’Autriche le don de la forêt des Mortes à la paroisse de Montagnat. De fait, les archives communales permettent de certifier ce dernier point (DD1). Cependant, ce bois de petite taille n’était pas une source de revenus suffisante pour la population. Il servait surtout au pâturage.
D’après la déclaration des biens des communautés dressé par l’intendant Bouchu entre 1665 et 1670 Montagnat est à cette époque une paroisse très pauvre, formé de seulement 22 métairies et 48 habitants: « ne font aucun commerce ni n’en peuvent faire, il n’y a que le ruisseau de Ressouze, point de rivière ni pont ni passage ». Concernant le bois des Mortes, il est dit que la coupée de terre vaut 50 sols, la contenu du char de foins 30 livres, lo bois taillis ne peut être estimé plus de 15 sols la coupée.
La Reyssouze donne lieu à la construction de quatre moulins sur le territoire de la commune : la Ravary, la Craz, le Moulin Neuf et Noire Fontaine.
La première Mairie de Montagnat fût construite à côté de l’église. Le bâtiment actuel a été construit en 1882 pour faire office de Mairie-école. Actuellement l’école s’est déplacée à un bâtiment annexe de construction récente et l’ancien bâtiment est entièrement dédié aux services administratifs de la commune. Une nouvelle salle a été entièrement dédié à la conservation et la consultation des archives historiques et administratives de la commune.
Dans le cimetière on y trouve quelques tombes remarquables par leur architecture, telles que celles de la famille Blanc de Kirvan, de Rivoire et Marron de belvey.
L’église ancienne de Montagnat se trouvait au centre de l’actuel cimetière. Le clocher fut détruit à la Révolution et reconstruit en 1820. En 1849 la foudre détruit le bâtiment. En 1859 débutent les travaux de construction du nouveau bâtiment, achevé en 1864.
La commune abrite aussi plusieurs châteaux dont ceux de Rivoire, de Noire fontaine et de Montplaisant. Le château de Rivoire fut le centre administratif de la paroisse pendant plus de cinq siècles. Claude du Saix, qui unifie les paroisses de Montagnat et Revonnas dans la grande seigneurie de Rivoire fut construire le château. A la Révolution la démolition du château est entreprise et plus de vingt déserteurs y sont employés. Cependant, la partie qui n’avait pas été démolie a pu être préservée jusqu’à présent.

La mairie de Montagnat conserve les archives issues de sa propre administration communale depuis sa création en 1790. En 1792, la commune hérite de la gestion de l’état civil et des archives paroissiales remontant à 1669. On trouve également dans les archives communales des pièces concernant l’administration locale d'Ancien Régime qui remontent à l'an 1476.

Toute personne peut obtenir communication des documents conservés par la collectivité dans le respect de la réglementation en vigueur sur la communicabilité des archives publiques (articles L. 213-1 à L. 213-3, L. 213-5, L. 213-6 et L. 213-8 du Code du patrimoine) ou des conditions émises par les donateurs ou déposants d’archives privées.
Toute personne désireuse de consulter les archives communales doit produire une pièce officielle d’identité comportant une photographie.
La consultation des documents s’effectue obligatoirement sur place. Il n’est consenti aucun prêt à domicile de documents d’archives.
La consultation se fait sur rendez-vous aux heures d’ouverture de la mairie.
Les lecteurs doivent veiller à ce que les documents communiqués ne subissent aucun dommage, dégradation ou altération par leur fait ou leur négligence.

Norme ISDIAH (Norme internationale pour la description des institutions de conservation des archives), 1e édition, 2008.
AFNOR NF Z 44-060, décembre 1996, Catalogue d’auteurs et d’anonymes : forme et structure des vedettes des collectivités auteur.
AFNOR NF Z 44-081, septembre 1993, Catalogage des documents cartographiques : forme et structure des vedettes noms géographiques.
Norme ISO 8601:2004 Éléments de données et formats d’échange -- Échange d’information -- Représentation de la date et de l’heure.

Pré-inventaire des Richesses touristiques et archéologiques des cantons de Péronnas et Viriat, département de l’Ain, 1997, p. 68-88.
BOUCHU (intendant), Déclaration des biens des communautés, 1665 – 1670, volume II (Bresse), p. 301.
SAINT-PIERRE, Dominique, Dictionnaire des hommes et des femmes politiques de l'Ain, de 1789 à 2003, Musnier-Gilbert, 2011.