• Fonds ancien
Le fonds ancien est constitué uniquement des registres paroissiaux (GG1-3 ; 1675-1792).

• Fonds moderne
De manière générale, le fonds moderne de Courtes s’avère lacunaire dans certaines séries sur la période fin XIXème-début XXème siècles.
En série D, les registres des délibérations sont conservés depuis 1838 (D1-5) ; la lacune entre 1792 et 1837 n’en semble pas une puisque les inventaires des archives du 19ème siècle ne relèvent pas de lacunes sur cette période. Les documents relatifs au premier conseil municipal de la commune sont conservés sous la cote 1D10. On trouve un registre des arrêtés du maire pour les périodes 1821-1843 et 1913-1972 (D7-8). Les inventaires des archives et du mobilier sont conservés sous la cote D11.
En série E, la collection des registres d’état civil est complète.
La série F nous renseigne sur la population et l’agriculture. Les listes de recensement de la population et de recrutement militaire dévoilent aux généalogistes des renseignements, notamment sur la composition d’une famille ou sur les capacités physiques et intellectuelles des jeunes garçons. Les recensements de population sont complets depuis 1836. La sous-série sur l’agriculture comporte quelques lacunes avant 1930, notamment en matière de registres et tableaux de statistiques agricoles.
En série G, l’ensemble des atlas et matrices cadastraux napoléoniens ont été conservés (G1-11). La série des matrices d’imposition est relativement complète.
La série H est peu importante. En dépit de quelques lacunes, les listes de recensement militaire sont conservées depuis 1848 (H1). Les tableaux de recensement des chevaux et voitures susceptibles d’être requis ont été conservés pour la période du début du XXème siècle. On trouve quelques documents sur la garde nationale (H10) et les sapeurs-pompiers (H11). La sous-série sur les guerres est bien représentée. On trouve notamment des informations sur les réquisitions pendant la guerre de 1870 (H12), un dossier sur les soldats et les évacués de Belfort pendant la Première Guerre mondiale (H13) ou un dossier sur les réquisitions, le ravitaillement et le rationnement durant la Seconde Guerre mondiale (H14). Un tableau avec les photographies des soldats de la commune Morts pour la France ainsi qu’un tableau d’honneur et des citations conservés au secrétariat complètent les documents relatifs à la Première Guerre mondiale.
La série I nous renseigne notamment sur la police et les mœurs dans la commune. Un certain nombre de documents classés dans cette série traitent de l’hygiène et de la surveillance des épizooties. Les listes nominatives des enfants vaccinés sont conservées à compter de 1930 (I8).
En série K, malgré quelques exceptions, on dispose de toutes les listes électorales remontant à 1831, date de la loi sur l’organisation municipale (K2-4). Les opérations de vote des élections politiques et professionnelles antérieures au début du XXème siècle sont portées manquantes.
Conservés en série L, les budgets et comptes de la commune remontent à 1812 (L1-6) tandis qu’on trouve un livre comptable pour la période 1856-1924 (1L3). Les rôles de la taxe municipale sur les chiens sont conservés pour la période 1880-1917 (L12).
Les séries M et O sont assez bien représentées. Quelques plans de bâtiments et de chemins ont été conservés dont certains illustrent le corps de l’inventaire. On trouve des documents relatifs à la mairie-école (M1), le monument aux morts (M2), l’église et au cimetière (M4-6). Les tableaux de classement des chemins ruraux et communaux sont quasi-inexistants mais sont plus nombreux les dossiers portant sur l’aménagement des chemins et des ponts (O3-6). On trouve aussi quelques dossiers sur l’aménagement des cours d’eau (O14). En revanche, on ne trouve aucun document sur les travaux d’adduction et de distribution d’eau potable et d’assainissement.
Quant’à la série N, elle fournit des renseignements sur les biens communaux, notamment concernant les acquisitions et ventes de terrains faites par la commune (N1). On trouve également des documents sur la location des biens communaux (N3).
La série P nous renseigne sur l’exercice du culte catholique dans la commune et la séparation de l’Église et de l’État ainsi que sur la fabrique d’église.
En série Q, on trouve les documents du bureau de bienfaisance, du bureau d’aide sociale, et des aides obligatoires. Les registres des délibérations du bureau de bienfaisance sont conservés depuis 1895 (Q1-2). Les archives de l’assistance classées (assistance médicale gratuite, allocations, registres de nourrices, etc.) sont dans l’ensemble plutôt lacunaires.
Les archives concernant l’instruction publique, conservées en série R, sont peu nombreuses.
En série T, les permis de construire constituent une collection complète depuis 1962 (T3).

• Fonds contemporain
Les archives contemporaines semblent complètes et concernent toutes les séries.

Dossiers nominatifs de R. P., de M.-C. P., secrétaire de mairie de Courtes et de L. D., secrétaire de mairie de Cormoz : conventions de mise à disposition, avenants, arrêtés du président, délibérations (1967, 1985-1991, 1997, 2000, 2003, 2006).
Cotisations et charges sociales, Sécurité sociale : états relatifs aux traitements, salaires, pensions, honoraires, vacations et courtages, déclarations nominatives des salaires (1963-1969) ; URSSAF : déclarations annuelles de données sociales (1970-1995, 1998-2000) ; correspondance (1992, 1999) ; affiliation IRCANTEC (1994).
Enquête INSEE : questionnaires d’enquête (1967, 1992).
Identification auprès du CDG : questionnaire d’enquête, correspondance (1996, 1998).